Etelä-Karjalan kesäyliopiston ylläpitäjä on Itä-Suomen Yliopistoseura ry, jonka hallitus toimii Etelä-Karjalan kesäyliopiston johtokuntana. Yliopistoseuran hallituksen puheenjohtajana toimii hallintopäällikkö Matti Heinilä ja varapuheenjohtajana toimialajohtaja Jussi Virsunen.
Hallitukseen kuuluvat lisäksi dosentti Jyrki Ahola, markkinointipäällikkö Rauni Aineslahti, viestintä- ja markkinointipäällikkö Leena Peura-Kuusela, opetusneuvos Seppo Saarinen, ylihoitaja Soile Salla, erikoishammaslääkäri Leena-Maija Sandholm, henkilöstökoordinaattori Merja Valtonen sekä Lappeenrannan kaupungin edustajina Tuomo Lindh ja kasvatus- ja opetustoimen johtaja Tuija Willberg.
Itä-Suomen yliopistoseura ry on perustettu vuonna 1955. Alkuvuosien toiminnan tavoitteena oli saada yliopisto Lappeenrantaan alueen sivistystarpeiden palvelemiseksi. Tärkeänä tavoitteena heti alkuvuosista alkaen oli kuitenkin myös yliopistollisten koulutusten järjestäminen. Nykyhetkellä Itä-Suomen yliopistoseuran päätarkoituksena on ylläpitää Etelä-Karjalan kesäyliopiston toimintaa sekä edistää yliopistotasoista koulutustoimintaa Etelä-Karjalassa.